[Bioperl-l] t/BPpsilite fails

[James Gilbert]

Jason,

On Tue, 12 Jun 2001, Jason Stajich wrote:

> If we can assume that it is part of every perl
> installation then perhaps we should remove it
> from Root::IO.

I'd vote for this!

> Egad, I suspect this creating slews of
> tempfile/tempdirs on your machine, my
> apologies.  I have done

No, its OK: it just recurses forever, trying to
remove the dir.

> export TEMPDIR=/tmp/jason 
> before running dev code to make it easier to clean things up when we were 
> trying to implement this.
> 
> Now does the delegation to File::Path::rmtree does not work in Root::IO or
> is it actually using the copy+paste code that is in the rmtree method in
> Root::IO?

No, the delegation didn't work.  It was using the
Root::IO::rmtree, because it was printing the
bioperl style warnings.

	James

> -Jason
> 
> On Tue, 12 Jun 2001, James Gilbert wrote:
> 
> > 
> > 
> > OK, it looks like the copy of rmtree in
> > Bio::Root::IO is incompatible with my version of
> > Perl, which is 5.004_04.  It worked OK when I
> > deleted Bio::Root::IO::rmtree and put:
> > 
> >   use File::Path 'rmtree';
> > 
> > at the top of Bio::Root::IO.  It looks like the
> > code which delegates to the File::Path version of
> > rmtree if installed, doesn't work.
> > 
> > Do we really need Bio::Root::IO::rmtree?
> > 
> > 	James	
> > 
> > On Tue, 12 Jun 2001, James Gilbert wrote:
> > 
> > > 
> > > 
> > > I was running the tests before checking a change
> > > in Bio::SeqFeature::Generic, but t/BPpsilite gets
> > > stuck in a loop (error at end of mail).  I can't
> > > work out what's going on.
> > > 
> > > BTW, do we have to have a copy of rmtree in
> > > Bio::Root::IO?  I think File::Path is part of the
> > > Perl distribution.
> > > 
> > > James G.R. Gilbert
> > > The Sanger Centre
> > > Wellcome Trust Genome Campus
> > > Hinxton
> > > Cambridge                        Tel: 01223 494906
> > > CB10 1SA                         Fax: 01223 494919
> > > 
> > > 
> > > t/BPpsilite.........Value of <HANDLE> construct can be "0"; test with defined() 
> > > at blib/lib/Bio/Tools/BPpsilite.pm line 65535.
> > > Deep recursion on subroutine "Bio::Root::IO::rmtree" at blib/lib/Bio/Root/IO.pm 
> > > line 595, <FH> chunk 432.
> > > -------------------- WARNING ---------------------
> > > MSG: Can't remove directory /tmp/dir_jgrg-6094-0/./././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /././././.: Invalid argument
> > > ---------------------------------------------------
> > > -------------------- WARNING ---------------------
> > > MSG: Can't make directory /tmp/dir_jgrg-6094-0/././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././.. read+writeable: Not owner
> > > ------------------------- WARNING ---------------------
> > > MSG: Can't remove directory /tmp/dir_jgrg-6094-0/./././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > > /././././..: Device busy
> > > ---------------------------------------------------
> > > -------------------- WARNING ---------------------
> > > MSG: and can't restore permissions to 01777
> > > 
> > > ---------------------------------------------------
> > > ----------------------------------------------
> > > 
> > > _______________________________________________
> > > Bioperl-l mailing list
> > > Bioperl-l@bioperl.org
> > > http://bioperl.org/mailman/listinfo/bioperl-l
> > > 
> > 
> > James G.R. Gilbert
> > The Sanger Centre
> > Wellcome Trust Genome Campus
> > Hinxton
> > Cambridge                        Tel: 01223 494906
> > CB10 1SA                         Fax: 01223 494919
> > 
> > _______________________________________________
> > Bioperl-l mailing list
> > Bioperl-l@bioperl.org
> > http://bioperl.org/mailman/listinfo/bioperl-l
> > 
> 
> Jason Stajich
> jason@chg.mc.duke.edu
> Center for Human Genetics
> Duke University Medical Center 
> http://www.chg.duke.edu/ 
> 
> 
> 

James G.R. Gilbert
The Sanger Centre
Wellcome Trust Genome Campus
Hinxton
Cambridge                        Tel: 01223 494906
CB10 1SA                         Fax: 01223 494919