[Bioperl-l] t/BPpsilite fails

[Jason Stajich]

If we can  assume that it is part of every perl installation then perhaps 
we should remove it from Root::IO.  Egad, I suspect this creating slews of
tempfile/tempdirs on your machine, my apologies.  I have done
export TEMPDIR=/tmp/jason 
before running dev code to make it easier to clean things up when we were 
trying to implement this.

Now does the delegation to File::Path::rmtree does not work in Root::IO or
is it actually using the copy+paste code that is in the rmtree method in
Root::IO?

-Jason

On Tue, 12 Jun 2001, James Gilbert wrote:

> 
> 
> OK, it looks like the copy of rmtree in
> Bio::Root::IO is incompatible with my version of
> Perl, which is 5.004_04.  It worked OK when I
> deleted Bio::Root::IO::rmtree and put:
> 
>   use File::Path 'rmtree';
> 
> at the top of Bio::Root::IO.  It looks like the
> code which delegates to the File::Path version of
> rmtree if installed, doesn't work.
> 
> Do we really need Bio::Root::IO::rmtree?
> 
> 	James	
> 
> On Tue, 12 Jun 2001, James Gilbert wrote:
> 
> > 
> > 
> > I was running the tests before checking a change
> > in Bio::SeqFeature::Generic, but t/BPpsilite gets
> > stuck in a loop (error at end of mail).  I can't
> > work out what's going on.
> > 
> > BTW, do we have to have a copy of rmtree in
> > Bio::Root::IO?  I think File::Path is part of the
> > Perl distribution.
> > 
> > James G.R. Gilbert
> > The Sanger Centre
> > Wellcome Trust Genome Campus
> > Hinxton
> > Cambridge                        Tel: 01223 494906
> > CB10 1SA                         Fax: 01223 494919
> > 
> > 
> > t/BPpsilite.........Value of <HANDLE> construct can be "0"; test with defined() 
> > at blib/lib/Bio/Tools/BPpsilite.pm line 65535.
> > Deep recursion on subroutine "Bio::Root::IO::rmtree" at blib/lib/Bio/Root/IO.pm 
> > line 595, <FH> chunk 432.
> > -------------------- WARNING ---------------------
> > MSG: Can't remove directory /tmp/dir_jgrg-6094-0/./././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /././././.: Invalid argument
> > ---------------------------------------------------
> > -------------------- WARNING ---------------------
> > MSG: Can't make directory /tmp/dir_jgrg-6094-0/././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././.. read+writeable: Not owner
> > ------------------------- WARNING ---------------------
> > MSG: Can't remove directory /tmp/dir_jgrg-6094-0/./././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> > /././././..: Device busy
> > ---------------------------------------------------
> > -------------------- WARNING ---------------------
> > MSG: and can't restore permissions to 01777
> > 
> > ---------------------------------------------------
> > ----------------------------------------------
> > 
> > _______________________________________________
> > Bioperl-l mailing list
> > Bioperl-l@bioperl.org
> > http://bioperl.org/mailman/listinfo/bioperl-l
> > 
> 
> James G.R. Gilbert
> The Sanger Centre
> Wellcome Trust Genome Campus
> Hinxton
> Cambridge                        Tel: 01223 494906
> CB10 1SA                         Fax: 01223 494919
> 
> _______________________________________________
> Bioperl-l mailing list
> Bioperl-l@bioperl.org
> http://bioperl.org/mailman/listinfo/bioperl-l
> 

Jason Stajich
jason@chg.mc.duke.edu
Center for Human Genetics
Duke University Medical Center 
http://www.chg.duke.edu/