[Bioperl-l] t/BPpsilite fails

[James Gilbert]

OK, it looks like the copy of rmtree in
Bio::Root::IO is incompatible with my version of
Perl, which is 5.004_04.  It worked OK when I
deleted Bio::Root::IO::rmtree and put:

  use File::Path 'rmtree';

at the top of Bio::Root::IO.  It looks like the
code which delegates to the File::Path version of
rmtree if installed, doesn't work.

Do we really need Bio::Root::IO::rmtree?

	James	

On Tue, 12 Jun 2001, James Gilbert wrote:

> 
> 
> I was running the tests before checking a change
> in Bio::SeqFeature::Generic, but t/BPpsilite gets
> stuck in a loop (error at end of mail).  I can't
> work out what's going on.
> 
> BTW, do we have to have a copy of rmtree in
> Bio::Root::IO?  I think File::Path is part of the
> Perl distribution.
> 
> James G.R. Gilbert
> The Sanger Centre
> Wellcome Trust Genome Campus
> Hinxton
> Cambridge                        Tel: 01223 494906
> CB10 1SA                         Fax: 01223 494919
> 
> 
> t/BPpsilite.........Value of <HANDLE> construct can be "0"; test with defined() 
> at blib/lib/Bio/Tools/BPpsilite.pm line 65535.
> Deep recursion on subroutine "Bio::Root::IO::rmtree" at blib/lib/Bio/Root/IO.pm 
> line 595, <FH> chunk 432.
> -------------------- WARNING ---------------------
> MSG: Can't remove directory /tmp/dir_jgrg-6094-0/./././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /././././.: Invalid argument
> ---------------------------------------------------
> -------------------- WARNING ---------------------
> MSG: Can't make directory /tmp/dir_jgrg-6094-0/././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././.. read+writeable: Not owner
> ------------------------- WARNING ---------------------
> MSG: Can't remove directory /tmp/dir_jgrg-6094-0/./././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
> /././././..: Device busy
> ---------------------------------------------------
> -------------------- WARNING ---------------------
> MSG: and can't restore permissions to 01777
> 
> ---------------------------------------------------
> ----------------------------------------------
> 
> _______________________________________________
> Bioperl-l mailing list
> Bioperl-l@bioperl.org
> http://bioperl.org/mailman/listinfo/bioperl-l
> 

James G.R. Gilbert
The Sanger Centre
Wellcome Trust Genome Campus
Hinxton
Cambridge                        Tel: 01223 494906
CB10 1SA                         Fax: 01223 494919