[Bioperl-l] t/BPpsilite fails

James Gilbert jgrg@sanger.ac.uk
Tue, 12 Jun 2001 14:02:52 +0100 (BST)


I was running the tests before checking a change
in Bio::SeqFeature::Generic, but t/BPpsilite gets
stuck in a loop (error at end of mail).  I can't
work out what's going on.

BTW, do we have to have a copy of rmtree in
Bio::Root::IO?  I think File::Path is part of the
Perl distribution.

James G.R. Gilbert
The Sanger Centre
Wellcome Trust Genome Campus
Hinxton
Cambridge                        Tel: 01223 494906
CB10 1SA                         Fax: 01223 494919


t/BPpsilite.........Value of <HANDLE> construct can be "0"; test with defined() 
at blib/lib/Bio/Tools/BPpsilite.pm line 65535.
Deep recursion on subroutine "Bio::Root::IO::rmtree" at blib/lib/Bio/Root/IO.pm 
line 595, <FH> chunk 432.
-------------------- WARNING ---------------------
MSG: Can't remove directory /tmp/dir_jgrg-6094-0/./././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/././././.: Invalid argument
---------------------------------------------------
-------------------- WARNING ---------------------
MSG: Can't make directory /tmp/dir_jgrg-6094-0/././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././.. read+writeable: Not owner
------------------------- WARNING ---------------------
MSG: Can't remove directory /tmp/dir_jgrg-6094-0/./././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/./././././././././././././././././././././././././././././././././././././././.
/././././..: Device busy
---------------------------------------------------
-------------------- WARNING ---------------------
MSG: and can't restore permissions to 01777

---------------------------------------------------
----------------------------------------------