[BioRuby-ja] pubmed.rb

[Toshiaki Katayama]

二階堂さん

CVS ではしばらく前に修正していましたので、
先ほどリリースした BioRuby 1.2 で直っていると思います。
念のためお試しいただければ幸いです。

片山

On 2007/12/13, at 23:42, Itoshi NIKAIDO wrote:

> にかいどうです．
>
> Bio::PubMed#queryが使えなくなっています．
>
> 現在設定されているCGIのURLが変更になったのが原因のようです．
> ほかのメソッドも影響があるかもしれません．
>
> 解決案としては3つほど考えられます．
>
> 1. 301に対応する
> 現在のURLが301を返しているので，Bio::command#new_http
> をredirectに対応するという方法があります．
>
> 2. 新しいURLに変更する
> 132c132
> <     path = "/sites/entrez?Db=pubmed&Cmd=Text&dopt=MEDLINE&uid="
> ---
>>    path = "/entrez/query.fcgi?tool=bioruby&cmd=Text&dopt=MEDLINE&db=PubMed&uid="
>
> 3. NCBI eUtilsへ以降する
> ほかのメソッド(efetch)などはeutilsを使っているようなのでqueryはなくして
> しまうか，eUtilsのURLに変更してしまうのも良いかもしれませんね．
> http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/eutils_help.html
>
> -- 
> Itoshi NIKAIDO, Ph.D.
> FF20 8296 ED6F D9E5 7D05  8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2