[BioRuby-ja] pubmed.rb

[Itoshi NIKAIDO]

にかいどうです．

CVSのほうは確認してませんでした．確かに修正されていて
実行も確認しました．ありがとうございました．

では，JSBi2007 and Open-bioで!

On Dec 15, 2007 2:25 AM, Toshiaki Katayama <k ＠ bioruby.org> wrote:
> 二階堂さん
>
> CVS ではしばらく前に修正していましたので、
> 先ほどリリースした BioRuby 1.2 で直っていると思います。
> 念のためお試しいただければ幸いです。
>
> 片山
>
>
> On 2007/12/13, at 23:42, Itoshi NIKAIDO wrote:
>
> > にかいどうです．
> >
> > Bio::PubMed#queryが使えなくなっています．
> >
> > 現在設定されているCGIのURLが変更になったのが原因のようです．
> > ほかのメソッドも影響があるかもしれません．
> >
> > 解決案としては3つほど考えられます．
> >
> > 1. 301に対応する
> > 現在のURLが301を返しているので，Bio::command#new_http
> > をredirectに対応するという方法があります．
> >
> > 2. 新しいURLに変更する
> > 132c132
> > <     path = "/sites/entrez?Db=pubmed&Cmd=Text&dopt=MEDLINE&uid="
> > ---
> >>    path = "/entrez/query.fcgi?tool=bioruby&cmd=Text&dopt=MEDLINE&db=PubMed&uid="
> >
> > 3. NCBI eUtilsへ以降する
> > ほかのメソッド(efetch)などはeutilsを使っているようなのでqueryはなくして
> > しまうか，eUtilsのURLに変更してしまうのも良いかもしれませんね．
> > http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/eutils_help.html
> >
> > --
> > Itoshi NIKAIDO, Ph.D.
> > FF20 8296 ED6F D9E5 7D05  8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2
>
>



-- 
Itoshi NIKAIDO, Ph.D.
FF20 8296 ED6F D9E5 7D05  8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2