[BioRuby-ja] pubmed.rb

[Itoshi NIKAIDO]

にかいどうです．

Bio::PubMed#queryが使えなくなっています．

現在設定されているCGIのURLが変更になったのが原因のようです．
ほかのメソッドも影響があるかもしれません．

解決案としては3つほど考えられます．

1. 301に対応する
現在のURLが301を返しているので，Bio::command#new_http
をredirectに対応するという方法があります．

2. 新しいURLに変更する
132c132
<     path = "/sites/entrez?Db=pubmed&Cmd=Text&dopt=MEDLINE&uid="
---
>     path = "/entrez/query.fcgi?tool=bioruby&cmd=Text&dopt=MEDLINE&db=PubMed&uid="

3. NCBI eUtilsへ以降する
ほかのメソッド(efetch)などはeutilsを使っているようなのでqueryはなくして
しまうか，eUtilsのURLに変更してしまうのも良いかもしれませんね．
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/eutils_help.html

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Itoshi NIKAIDO, Ph.D.
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