[BioRuby-ja] get_genes_by_enzymeコマンドについて

[mark larios]

川島 様

biorubyの何versionを使っていらっしゃるでしょうか。

bash-2.03$ ruby -e "require 'bio'; puts Bio::BIORUBY_VERSION.join('.')"

というcommandの返ってメッセージは何ですか。bioruby >= 0.6.4にはWSDLDriverFactoryのエラーはないと思います。

マーク・アダムス

On 11/23/06, Takeshi Kawashima <kawashima38 ＠ gmail.com> wrote:
> biorubyメーリングリストの皆様
>
> いつもお世話になります。
> EC番号からgenesのIDのリストが欲しいのですけれども、
> 下記スクリプトに対して、空のアレイが返って来てしまいます。
> なにがおかしいのでしょうか。
> なお、他のKEGG APIのメソッドは現在の環境で、上手く動いています。
> biorubyは1.8.5、(使っているのは、東大のsammaサーバーです。)
>
>   川島武士
>
> スクリプト
>
> #!/usr/local/bin/ruby
>
> require 'bio'
> serv = Bio::KEGG::API.new
> p serv.get_genes_by_enzyme('ec:1.1.1.1', 'eco')
>
> 返ってくるメッセージ
>
> bash-2.03$ ruby hoge.rb
> WSDLDriverFactory#create_driver is depricated.  Use create_rpc_driver
> instead.
> []
>


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Mark James Adams
Drosophila Genetic Resource Center
Kyoto Institute of Technology
<http://www.dgrc.kit.ac.jp>