[BioRuby-ja] Bio::DASからGFFへの出力

[Mitsuteru Nakao]

かわじさん

なかおです．
ども．

パッチが添付されてませんでしたので再送付お願いします．

> Bio::DASを使うことで、DASサーバから
> featureを入手することはできたのですが、
> これらをGFFとして出力するメソッドが見当たりませんでした。
>
> そこで、
>
> 1. Bio::DAS::FEATUREなオブジェクトを
>    Bio::GFF::Recordなオブジェクトへ変換
>
> 2. Bio::GFF:Recordなオブジェクトから、
>    GFFな一行を生成
>
> するメソッドを追加するパッチを作成してみました(添付)
>
> 例えば、こんな感じの操作が可能になります。
>
> bioruby> das=Bio::DAS.new("http://www.wormbase.org:80/db/")
> bioruby> seg = Bio::DAS::SEGMENT.region('II', 3000, 4000)
> bioruby> f = das.get_features("elegans",seg)
> bioruby> puts f.segments[0].features[0].to_gff_record.gff_string
> II      Coding_transcript       intron  3037    3405
> Transcript 2L52.1/1639138;
>
> が、なにぶんこれが正しいのかどうかよくわかりません。
> もし、より適切な解があれば、教えていただければ幸いです。


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なかおみつてる
n ＠ bioruby.org