[BioRuby-ja] Bio::DASからGFFへの出力

[Hideya KAWAJI]

かわじです

On 5/8/06, Mitsuteru Nakao <n ＠ bioruby.org> wrote:
...snip
> パッチが添付されてませんでしたので再送付お願いします．

すみません。zipしたものを再添付します。

# 僕の環境では、ちゃんと添付されている
# みたいなのですが... gmailがおかしい？

> > Bio::DASを使うことで、DASサーバから
> > featureを入手することはできたのですが、
> > これらをGFFとして出力するメソッドが見当たりませんでした。
> >
> > そこで、
> >
> > 1. Bio::DAS::FEATUREなオブジェクトを
> >    Bio::GFF::Recordなオブジェクトへ変換
> >
> > 2. Bio::GFF:Recordなオブジェクトから、
> >    GFFな一行を生成
> >
> > するメソッドを追加するパッチを作成してみました(添付)
> >
> > 例えば、こんな感じの操作が可能になります。
> >
> > bioruby> das=Bio::DAS.new("http://www.wormbase.org:80/db/")
> > bioruby> seg = Bio::DAS::SEGMENT.region('II', 3000, 4000)
> > bioruby> f = das.get_features("elegans",seg)
> > bioruby> puts f.segments[0].features[0].to_gff_record.gff_string
> > II      Coding_transcript       intron  3037    3405
> > Transcript 2L52.1/1639138;
> >
> > が、なにぶんこれが正しいのかどうかよくわかりません。
> > もし、より適切な解があれば、教えていただければ幸いです。
>
>
> -
> なかおみつてる
> n ＠ bioruby.org
>