[BioRuby-ja] Bio::DASからGFFへの出力

[Hideya KAWAJI]

bioruby-jaな皆様


かわじです
bioruby、最近使い始めたりさせていただいています。

Bio::DASを使うことで、DASサーバから
featureを入手することはできたのですが、
これらをGFFとして出力するメソッドが見当たりませんでした。

そこで、

1. Bio::DAS::FEATUREなオブジェクトを
   Bio::GFF::Recordなオブジェクトへ変換

2. Bio::GFF:Recordなオブジェクトから、
   GFFな一行を生成

するメソッドを追加するパッチを作成してみました(添付)

例えば、こんな感じの操作が可能になります。

bioruby> das=Bio::DAS.new("http://www.wormbase.org:80/db/")
bioruby> seg = Bio::DAS::SEGMENT.region('II', 3000, 4000)
bioruby> f = das.get_features("elegans",seg)
bioruby> puts f.segments[0].features[0].to_gff_record.gff_string
II      Coding_transcript       intron  3037    3405           
Transcript 2L52.1/1639138;

が、なにぶんこれが正しいのかどうかよくわかりません。
もし、より適切な解があれば、教えていただければ幸いです。

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Hideya KAWAJI