[BioRuby-ja] BLATのスコア

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後藤です。

On Wed, 21 Jun 2006 14:57:09 +0900
"Itoshi NIKAIDO" <dritoshi ＠ gmail.com> wrote:

> にかいどうです。
> 
> Rails勉強会のときに後藤さんに話したのですが、BLATが出力する
> psl ファイルには、WebのBLATで出力される score と %id が表示
> されません。

関西Ruby勉強会のほうもよろしく :-)
私は次回(7/15)は他の用事で行けないような気がしますが…

> BLATをコマンドラインで使っているひとは、そんなスコアが出ていること
> に気付いていない人も多いようです。しかし、Wetな現場/論文などでは、
> Webで検索した結果を元にしていることも多く、さらに、解析をお願いされた
> ときに、スコアを指標に閾値を指定してくる方がよくいます。
> 
> まあ、簡単な式なので、毎回自分でメソッドを作るのですが、BioRuby の
> BLAT parser のなかに、始めから定義されていても良いような気がします。
> 
> http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat#blat4
> 
> どうぞ、ご検討下さい。

さっそく対応してみました。
(Rails勉強会@関西で話を聞いて、さっそく実装開始したので、火曜日のうちに
既にcvs ci済。)

ただ、本当にこの式で合っているのか不安なので、確かめてもらえると幸いです。
現在、ウェブ上のBLATとローカルのBLATの計算で値が一致するか確認中です。
ついでにunit testも作ろうかと思っています。

また、気が付かないうちに、ウェブ上のBLATのpsl形式のバージョンが
psLayout version 4にバージョンアップしており、1行目の形式が若干変わり、
FlatFileの自動認識で認識されなさそうだったので、それも修正しました。
ただし、pslパーサ(Bio::Blat::Report)自体は、見たところデータ本体に
本質的変更はなさそうなので、(メソッドの追加以外は)変更していません。
誰か、バージョンアップに伴ってどういうデータ形式の変更があったのか
知っている人はいますか？

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後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)