[BioRuby-ja] BLATのスコア

[Itoshi NIKAIDO]

にかいどうです。

ありがとうございました。

http://code.open-bio.org/cgi-bin/viewcvs/viewcvs.cgi/bioruby/lib/bio/appl/blat/report.rb?rev=1.9&cvsroot=bioruby&content-type=text/vnd.viewcvs-markup
ですが、問題ないように思います。

ただ、一点だけ言うと参照ULRは
http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat#blat4
だと思います。

On 6/23/06, GOTO Naohisa <ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp> wrote:
> 後藤です。
>
> On Wed, 21 Jun 2006 14:57:09 +0900
> "Itoshi NIKAIDO" <dritoshi ＠ gmail.com> wrote:
>
> > にかいどうです。
> >
> > Rails勉強会のときに後藤さんに話したのですが、BLATが出力する
> > psl ファイルには、WebのBLATで出力される score と %id が表示
> > されません。
>
> 関西Ruby勉強会のほうもよろしく :-)
> 私は次回(7/15)は他の用事で行けないような気がしますが…
>
> > BLATをコマンドラインで使っているひとは、そんなスコアが出ていること
> > に気付いていない人も多いようです。しかし、Wetな現場/論文などでは、
> > Webで検索した結果を元にしていることも多く、さらに、解析をお願いされた
> > ときに、スコアを指標に閾値を指定してくる方がよくいます。
> >
> > まあ、簡単な式なので、毎回自分でメソッドを作るのですが、BioRuby の
> > BLAT parser のなかに、始めから定義されていても良いような気がします。
> >
> > http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat#blat4
> >
> > どうぞ、ご検討下さい。
>
> さっそく対応してみました。
> (Rails勉強会@関西で話を聞いて、さっそく実装開始したので、火曜日のうちに
> 既にcvs ci済。)
>
> ただ、本当にこの式で合っているのか不安なので、確かめてもらえると幸いです。
> 現在、ウェブ上のBLATとローカルのBLATの計算で値が一致するか確認中です。
> ついでにunit testも作ろうかと思っています。
>
> また、気が付かないうちに、ウェブ上のBLATのpsl形式のバージョンが
> psLayout version 4にバージョンアップしており、1行目の形式が若干変わり、
> FlatFileの自動認識で認識されなさそうだったので、それも修正しました。
> ただし、pslパーサ(Bio::Blat::Report)自体は、見たところデータ本体に
> 本質的変更はなさそうなので、(メソッドの追加以外は)変更していません。
> 誰か、バージョンアップに伴ってどういうデータ形式の変更があったのか
> 知っている人はいますか？
>
> --
> 後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
> 大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)
>


-- 
Itoshi NIKAIDO, Ph.D.
FF20 8296 ED6F D9E5 7D05  8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2