[BioRuby-ja] BLATのスコア

[Itoshi NIKAIDO]

にかいどうです。

Rails勉強会のときに後藤さんに話したのですが、BLATが出力する
psl ファイルには、WebのBLATで出力される score と %id が表示
されません。

BLATをコマンドラインで使っているひとは、そんなスコアが出ていること
に気付いていない人も多いようです。しかし、Wetな現場/論文などでは、
Webで検索した結果を元にしていることも多く、さらに、解析をお願いされた
ときに、スコアを指標に閾値を指定してくる方がよくいます。

まあ、簡単な式なので、毎回自分でメソッドを作るのですが、BioRuby の
BLAT parser のなかに、始めから定義されていても良いような気がします。

http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat#blat4

どうぞ、ご検討下さい。

-- 
Itoshi NIKAIDO, Ph.D.
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