Re: [BioRuby-ja] GenBank形式のファイルを読みこみたい

[Toshiaki Katayama]

福井さん

手元で少し試してみた限りではエラーにならないのですが、
最近は全 GenBank にかけてみるといったテストをしていないので、
フォーマットの変更など対応漏れがある可能性はあります。

エラーの出るエントリを教えて（or 送って）頂けないでしょうか？

よろしくお願いします。

片山

On 2005/02/28, at 13:35, FUKUI Toshifumi wrote:

> 福井と申します。
>
> http://bioruby.org/wiki/Japanese/?Tutorial.rd.ja
> の「GenBank のパース (Bio::GenBank クラス)」の
>> 次に、GenBank の複雑な FEATURES の中もパースして、遺伝子ごとの塩基配列と
>> アミノ酸配列を取り出してみます。
> の例に従って、GenBank形式のファイルを読み込もうとしています。
>
> この例をそのままcopy & pasteした上で、NCBIから取ってきたGenBank形式の
> ファイルを読み込ませてみると、
>
> /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb:58:in `accession':
> private
> method `split' called for nil:NilClass (NoMethodError)
>         from ./gb.rb:11
>         from ./gb.rb:8:in `each_entry'
>         from ./gb.rb:8
>
> のようなエラーが出ます。
> # gb.rbというのが、とりあえずcopy & pasteして作ったファイルの名前です。
>
> とりあえず、/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb を見て
> はみたのですが、何がどういけないのか見当が付きません。
> すみません、どう対処すべきでしょうか？どなたか、ヒントだけでも教えてくだ
> さい。
>
> ちなみに、
> % ruby -v
> ruby 1.8.2 (2004-12-25) [i386-cygwin]
> という環境で、bioruby-0.6.2をインストールしています。
>
> -- 
> fukui