[BioRuby-ja] GenBank形式のファイルを読みこみたい

[FUKUI Toshifumi]

福井と申します。

http://bioruby.org/wiki/Japanese/?Tutorial.rd.ja
の「GenBank のパース (Bio::GenBank クラス)」の
> 次に、GenBank の複雑な FEATURES の中もパースして、遺伝子ごとの塩基配列と
> アミノ酸配列を取り出してみます。
の例に従って、GenBank形式のファイルを読み込もうとしています。

この例をそのままcopy & pasteした上で、NCBIから取ってきたGenBank形式の
ファイルを読み込ませてみると、

/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb:58:in `accession':
private
method `split' called for nil:NilClass (NoMethodError)
        from ./gb.rb:11
        from ./gb.rb:8:in `each_entry'
        from ./gb.rb:8

のようなエラーが出ます。
# gb.rbというのが、とりあえずcopy & pasteして作ったファイルの名前です。

とりあえず、/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb を見て
はみたのですが、何がどういけないのか見当が付きません。
すみません、どう対処すべきでしょうか？どなたか、ヒントだけでも教えてくだ
さい。

ちなみに、
% ruby -v
ruby 1.8.2 (2004-12-25) [i386-cygwin]
という環境で、bioruby-0.6.2をインストールしています。

-- 
fukui