[BioRuby-ja] GenBank形式のファイルを読みこみたい

[Tomoaki NISHIYAMA]

基生研の西山です。

下のような現象は、余分な空行があるファイルで見ることがあります。
福井さんの方では、余分な空行がないかを確認してみては如何でしょうか。

biorubyの方では、余分な空行があってもうまく処理できるよう
になるとより良いと思います。

-- 
Tomoaki Nishiyama
  e-mail:tomoaki ＠ nibb.ac.jp
National Institute for Basic Biology


From: Toshiaki Katayama <ktym ＠ hgc.jp>
Subject: Re: [BioRuby-ja] GenBank形式のファイルを読みこみたい
Date: Mon, 28 Feb 2005 14:49:25 +0900
Message-ID: <382e53b735eb225b9a15c3f3f3e098c8 ＠ hgc.jp>

ktym> 福井さん
ktym> 
ktym> 手元で少し試してみた限りではエラーにならないのですが、
ktym> 最近は全 GenBank にかけてみるといったテストをしていないので、
ktym> フォーマットの変更など対応漏れがある可能性はあります。
ktym> 
ktym> エラーの出るエントリを教えて（or 送って）頂けないでしょうか？
ktym> 
ktym> よろしくお願いします。
ktym> 
ktym> 片山
ktym> 
ktym> On 2005/02/28, at 13:35, FUKUI Toshifumi wrote:
ktym> 
ktym> > 福井と申します。
ktym> >
ktym> > http://bioruby.org/wiki/Japanese/?Tutorial.rd.ja
ktym> > の「GenBank のパース (Bio::GenBank クラス)」の
ktym> >> 次に、GenBank の複雑な FEATURES の中もパースして、遺伝子ごとの塩基配列と
ktym> >> アミノ酸配列を取り出してみます。
ktym> > の例に従って、GenBank形式のファイルを読み込もうとしています。
ktym> >
ktym> > この例をそのままcopy & pasteした上で、NCBIから取ってきたGenBank形式の
ktym> > ファイルを読み込ませてみると、
ktym> >
ktym> > /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb:58:in `accession':
ktym> > private
ktym> > method `split' called for nil:NilClass (NoMethodError)
ktym> >         from ./gb.rb:11
ktym> >         from ./gb.rb:8:in `each_entry'
ktym> >         from ./gb.rb:8
ktym> >
ktym> > のようなエラーが出ます。
ktym> > # gb.rbというのが、とりあえずcopy & pasteして作ったファイルの名前です。
ktym> >
ktym> > とりあえず、/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb を見て
ktym> > はみたのですが、何がどういけないのか見当が付きません。
ktym> > すみません、どう対処すべきでしょうか？どなたか、ヒントだけでも教えてくだ
ktym> > さい。
ktym> >
ktym> > ちなみに、
ktym> > % ruby -v
ktym> > ruby 1.8.2 (2004-12-25) [i386-cygwin]
ktym> > という環境で、bioruby-0.6.2をインストールしています。
ktym> >
ktym> > -- 
ktym> > fukui
ktym>