[BioRuby-ja] Ruby Codes for Molecule

[Toshiaki Katayama]

On 2004/04/16, at 2:29, Nobuya Tanaka wrote:
> 田中伸也と申します。4月から京都大学バイオインフォマティックセンター金
> 久研究室のポスドクとして御世話になっています。

はじめまして。

> わたしは、これまで情報化学の研究室にいた関係もあり、Chemoinformaticsの
> ためのRuby スクリプトを書いてきました。
>
> いまのところ、「KCF Compound, KCF Glycan, Molfile, CDX, CDXML,
> Gaussian98 Log, chime xyz, Tinker xyz, Pov-Ray, SWF(Ming/Ruby),
> Postscript」の読み(and/or)書きやTinkerのインターフェース、分子量や結合
> 推定、Gillespieのアルゴリズムを実装しています。
>
> 5/31-6/3 の``Bioinformatics and Systems Biology''までにリリースに耐え
> る程度に整理/拡張して、発表しようと考えています。
>
> 作り始めた当初目的がBiologyよりはChemistryだったので``ChemRuby''とする
> ことも考えたのですが、BioRubyのプロジェクトに取り込んでいただければと
> も考えています。
>
> どのような配布形態が望ましいと考えられますか?
>
> コードも満足に示せない状態で申し訳ありません。

基本的に歓迎なのですが、どうしたらいいのかすぐには結論が出せないでいます。
ネームスペース、ライセンス、ドキュメントなどはどうなりますか？

BioRuby に取り込むとすれば

取り込むメリット、デメリット
LGPL (open souce) で問題ないか
Bio:: でいいのか (Chem:: ?)
ディレクトリ構成はどうするか (lib/bio <-> lib/chem?)
他のライブラリの依存関係はどうなってるか
ドキュメントはあるのか
同じ CVS レポジトリを使うかどうか（アカウントを取ってもらうかどうか）
BioRuby/BioRuby-ja でサポートするのか別でするのか
ウェブはどうするか

などなどを検討して頂けますか。

今はまだ取り込まずとりあえず ChemRuby でリリースして、相互依存というか
共有出来るコードが多いなどマージするメリットが大きくなれば擦り合わせします？
サーバ管理は一本化できますが、マージは結構大変な作業になる？

取り込んでしまうメリットとしてはプロジェクト管理を（BioRuby の
スタッフがするので）一人でしなくてよい、ユーザとしてはインストールが
一度ですむので少し楽かも、chem と bio あわせた色々なことがシームレスに？
できるようになりそう、などがあるのかな。

すでに BioRuby もお使いになってるということですので
まずはうまいこと連携が取れるようにして頂ければ一番いいと思います。

モノを見ないとイメージがわかない所もありますが、
他の方もご意見お願いします。

ではでは〜。

片山