[BioRuby-ja] Ruby Codes for Molecule

[Nobuya Tanaka]

BioRubyの皆様、はじめまして。

田中伸也と申します。4月から京都大学バイオインフォマティックセンター金
久研究室のポスドクとして御世話になっています。

BioRubyは半年程前から使わせていただいています。

わたしは、これまで情報化学の研究室にいた関係もあり、Chemoinformaticsの
ためのRuby スクリプトを書いてきました。

いまのところ、「KCF Compound, KCF Glycan, Molfile, CDX, CDXML,
Gaussian98 Log, chime xyz, Tinker xyz, Pov-Ray, SWF(Ming/Ruby),
Postscript」の読み(and/or)書きやTinkerのインターフェース、分子量や結合
推定、Gillespieのアルゴリズムを実装しています。

5/31-6/3 の``Bioinformatics and Systems Biology''までにリリースに耐え
る程度に整理/拡張して、発表しようと考えています。

作り始めた当初目的がBiologyよりはChemistryだったので``ChemRuby''とする
ことも考えたのですが、BioRubyのプロジェクトに取り込んでいただければと
も考えています。

どのような配布形態が望ましいと考えられますか?

コードも満足に示せない状態で申し訳ありません。

是非、御意見をお聞かせ下さい。

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         田中伸也
tanaka ＠ kuicr.kyoto-u.ac.jp
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