[BioRuby-ja] Ruby Codes for Molecule

[Nobuya Tanaka]

片山 様
お忙しい中コメントありがとうございます。

At Fri, 16 Apr 2004 10:34:15 +0900,
Toshiaki Katayama wrote:
> 
> On 2004/04/16, at 2:29, Nobuya Tanaka wrote:
> > 田中伸也と申します。4月から京都大学バイオインフォマティックセンター金
> > 久研究室のポスドクとして御世話になっています。
> 
> はじめまして。

はじめまして、よろしくお願いします。

> 基本的に歓迎なのですが、どうしたらいいのかすぐには結論が出せないでいます。
> ネームスペース、ライセンス、ドキュメントなどはどうなりますか？
> 
> BioRuby に取り込むとすれば
> 
> 取り込むメリット、デメリット
> LGPL (open souce) で問題ないか

もちろん問題ありません。

> Bio:: でいいのか (Chem:: ?)

現在はChem::としていますが、もし取り込んでいただけそうなレベルになったら
Bio::にしていただければと思います。

> ディレクトリ構成はどうするか (lib/bio <-> lib/chem?)

ディレクトリ構成はBioRubyをお手本にしています。
現在は下記のフォルダがあります。かえってややこしいことになるでしょうか?

 chem/appl
 chem/db
 chem/data
 chem/tests

> 他のライブラリの依存関係はどうなってるか
> ドキュメントはあるのか

REXMLなど1.8.1で標準になっている以上のライブラリは使っていません。
残念ながらドキュメントはまだありません。

> 同じ CVS レポジトリを使うかどうか（アカウントを取ってもらうかどうか）
> BioRuby/BioRuby-ja でサポートするのか別でするのか
> ウェブはどうするか
> 
> などなどを検討して頂けますか。
> 
> 今はまだ取り込まずとりあえず ChemRuby でリリースして、相互依存というか
> 共有出来るコードが多いなどマージするメリットが大きくなれば擦り合わせします？
> サーバ管理は一本化できますが、マージは結構大変な作業になる？

一方的にChemRuby(?)がBioRubyの機能を使っているのでマージの作業は、ほと
んどないと思います。

とりあえず見ていただける形にしてChemRubyとしてこのMLでひっそりアナウン
スさせていただければ幸いです。

> 取り込んでしまうメリットとしてはプロジェクト管理を（BioRuby の
> スタッフがするので）一人でしなくてよい、ユーザとしてはインストールが
> 一度ですむので少し楽かも、chem と bio あわせた色々なことがシームレスに？
> できるようになりそう、などがあるのかな。

すでにchemのなかではbioを使わせていただいています。BioRubyにpdb.rbが入
る前には独自にpdb.rbを開発していました。chemからはとてもメリットがある
のですが、逆はというと。。。

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         田中伸也
tanaka ＠ kuicr.kyoto-u.ac.jp
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