[Biojava-l] RES: Get a sequence from internet

Anderson Moura da Silva anderson.moura at telemar-rj.com.br
Mon Apr 3 15:54:01 UTC 2006


Nice!!

It work only with the sequence ID? Can I search by the name of the sequence?

Thanks a lot!

-----Mensagem original-----
De: Dickson S. Guedes [mailto:guedes at unisul.br]
Enviada em: segunda-feira, 3 de abril de 2006 12:10
Para: Anderson Moura da Silva
Cc: biojava-l at lists.open-bio.org
Assunto: Re: [Biojava-l] Get a sequence from internet


Yes,
Hi Anderson,

You can use the NCBISequenceDB:


(...)

NCBISequenceDB ncbiDB = new NCBISequenceDB();
Sequence sequenceFromGenbank = ncbiDB.getSequence("sequence_id");

System.out.println(sequenceFromGenbank.getName());

(...)

Change "sequence_id" for a ID from Genbank.

:)


Anderson Moura da Silva escreveu:
> Is possible to get a sequence from one of the sources on the internet, like from the Swissprot, using biojava?
>  
> Can anybody help?
>  
> Thanks,
> 
> 
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Dickson S. Guedes
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  * ATI - Assessoria de Tecnologia da Informação
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  *    "Quis custodiet ipsos custodes?"
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