[Biojava-l] Get a sequence from internet

Dickson S. Guedes guedes at unisul.br
Mon Apr 3 15:09:43 UTC 2006


Yes,
Hi Anderson,

You can use the NCBISequenceDB:


(...)

NCBISequenceDB ncbiDB = new NCBISequenceDB();
Sequence sequenceFromGenbank = ncbiDB.getSequence("sequence_id");

System.out.println(sequenceFromGenbank.getName());

(...)

Change "sequence_id" for a ID from Genbank.

:)


Anderson Moura da Silva escreveu:
> Is possible to get a sequence from one of the sources on the internet, like from the Swissprot, using biojava?
>  
> Can anybody help?
>  
> Thanks,
> 
> 
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