sequence quality in eprimer3

[Georg Otto]

Hi!

I have a question concerning eprimer3:

I have a number of files in Staden experiment format (for an example 
see below).

I can use it as an input file for primer selection with eprimer3 
without problems. In the documentation of eprimer3 it is mentioned that 
it is possible to use base calling quality values for primer selection, 
but I did not find an explanation how this is done.

More specifically, I am not sure how I can get the program to use the 
phred values listed in my exp files (is it used at all?) and how to 
define a minimal quality threshold.

Any hint will be very much appreciated.

Cheers,

Georg


ID   fb71b08.x1.exp
EN   fb71b08.x1.exp
LN   fb71b08.x1
LT   SCF
AV   4 4 4 4 4 6 6 4 4 4 4 4 6 6 6 4 4 6 7 7 8 10 14 18 9 9 7 7 8
AV        8 9 9 8 8 10 14 9 9 11 25 25 31 31 31 31 30 33 33 33 33
AV        32 40 32 27 24 24 32 23 27 27 29 29 40 40 35 28 17 15 15
AV        28 28 36 34 28 25 8 6 6 6 6 9 18 24 27 33 33 33 38 39 33
AV        31 31 34 34 31 33 33 27 25 14 12 12 23 32 39 44 44 44 39
AV        39 37 37 37 39 39 38 37 37 37 37 37 37 37 44 45 44 44 44
AV        45 45 45 32 26 26 18 27 15 18 18 18 18 15 18 21 25 24 24
AV        24 30 30 37 33 37 37 37 37 33 33 24 22 22 22 19 22 32 32
AV        37 30 32 28 28 33 33 32 37 37 45 45 32 32 21 17 15 25 29
AV        32 32 30 30 30 37 37 45 45 45 32 32 14 14 11 14 14 26 17
AV        21 21 21 21 30 37 41 51 51 51 32 32 13 13 13 28 27 30 30
AV        28 28 30 30 37 41 41 37 36 30 36 34 21 21 27 27 30 30 30
AV        30 30 34 34 34 30 30 30 41 41 51 51 37 37 30 34 34 37 37
AV        27 27 14 27 21 32 32 51 51 33 33 30 30 30 24 36 22 30 30
AV        36 36 41 30 34 34 39 39 34 34 25 21 21 24 34 32 39 37 37
AV        30 30 28 33 28 27 30 36 32 31 36 30 29 29 29 36 34 37 37
AV        41 41 30 30 30 41 32 37 37 33 33 33 33 33 30 37 37 37 41
AV        41 41 30 30 30 34 34 34 37 37 37 37 41 41 37 37 37 37 37
AV        37 37 37 37 37 32 32 32 32 37 45 45 45 37 37 37 40 38 37
AV        37 37 37 37 37 37 34 34 34 34 34 31 38 37 28 28 26 26 19
AV        22 24 32 32 37 37 34 40 31 30 30 28 27 18 29 38 34 37 34
AV        34 34 31 31 27 29 32 32 24 27 29 32 34 45 38 34 34 34 31
AV        31 31 30 22 19 19 19 22 25 28 31 31 31 24 22 22 21 21 18
AV        12 13 14 19 23 26 27 28 36 33 33 33 33 31 30 32 23 23 22
AV        22 22 22 31 33 34 33 33 33 27 24 21 19 19 21 24 20 18 18
AV        18 18 21 21 19 20 24 24 24 21 12 10 9 9 10 12 18 26 25
AV        25 25 23 23 24 25 13 11 11 11 12 13 17 24 24 24 24 29 30
AV        23 19 9 9 10 12 12 9 10 17 18 20 21 18 18 23 22 19 16 16
AV        16 14 18 10 11 14 25 25 9 7 7 8 8 9 12 18 10 12 7 9 9 9
AV        12 18 14 18 16 18 18 13 18 8 8 10 8 9 9 7 7 10 10 14 12
AV        21 15 15 18 16 16 11 8 7 7 7 7 10 10 9 8 4 4
SQ
      NGGTGGGCCG CTGTAAGCGT GAATTTTATG AGATGACACT ATAGAAGAGC TATGACGTCG
      CATGCACGCG TACGTATGTT TGGATCCTCT AGAGCGGCCG CCCTTTTTTT TTTTTTTTTT
      TTTTTTTTTT TTTCATGTTG TTAGATATAT TTTAATCAAG CAACAAATGT CAAAAAAAAA
      GCTCAAAGAC AGGATCGGGA ACAGCTTCAG GGTTGTTCTG GGTTACACAA ACTCGTACAG
      AATGTTACGA ACAACACACA ATCTATAGGG GTTACTAGTG AAGCATTAAA CGCTAACAGA
      TCACATTTGT TACAGAGATG AGAGATGATT AACCTGAGGC ATTTTCAAAA GTCTGGTTGA
      AGCAGCAAAA TGGAGGTCTG AGATAAACTA TTATACACCT GGAACTATAG CACATAGTTC
      CTCATGAAAA GATTAGGTAT ATTAAAACTA TTTAATAAAG GTTAGATGCT ACACATGTTA
      GCAATTCCTC AGCTTTAGCT TTTAACCATC ATATGGCACT TGAAATAAGG TCACAATACG
      TACATCACTG AGATCTCTTT GAATATTTTC CCCAAAATCC TCCTCCAAAA TATGTCTGAA
      CTTTGGTN
//