EMBASSY : PHYLIP install

Delmotte Fran=?US-ASCII?Q?=E7?=ois Francois.Delmotte at uv.es
Fri Feb 14 08:50:10 UTC 2003


After installing EMBOSS-2.6.0, I tried to install PHILIP-3.573c (intalla
is made in /usr/local/EMBOSS-2.6.0/PHYLIP-3.573c under linux RH8) : but
I could not achieve the installation correctly (problem with finding
some ajax files, see below)... Can somebody please provide an advice ?
François Delmotte
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Here is what I get:

[root at mopusv91 PHYLIP-3.573c]# ./configure
(this worked fine)
..
[root at mopus PHYLIP-3.573c]# make
Making all in src
make[1]: enter the directory `/usr/local/EMBOSS-2.6.0/PHYLIP-3.573c/src'
if gcc -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\"
-DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE=\"PHYLIP\"
-DVERSION=\"3.573c\" -DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_SYS_TYPES_H=1
-DHAVE_SYS_STAT_H=1 -DHAVE_STDLIB_H=1 -DHAVE_STRING_H=1
-DHAVE_MEMORY_H=1 -DHAVE_STRINGS_H=1 -DHAVE_INTTYPES_H=1
-DHAVE_STDINT_H=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_DLFCN_H=1 -DHAVE_DIRENT_H=1
-DSTDC_HEADERS=1 -DHAVE_UNISTD_H=1 -DHAVE_LIBM=1  -I. -I. -I../include
-I../../../ajax    -g -O2 -MT clique.o -MD -MP -MF ".deps/clique.Tpo" \
  -c -o clique.o `test -f 'clique.c' || echo './'`clique.c; \
then mv ".deps/clique.Tpo" ".deps/clique.Po"; \
else rm -f ".deps/clique.Tpo"; exit 1; \
fi
clique.c:2:18: ajax.h: no such file or directory
clique.c: Dans la fonction « emboss_getoptions »:
clique.c:73: « AjStatus » non déclaré (première utilisation dans cette
fonction)
clique.c:73: (Chaque identificateur non déclaré est rapporté une seule fois
clique.c:73: pour chaque fonction dans laquelle il apparaît.)
clique.c:73: erreur d'analyse syntaxique avant « retval »
clique.c:74: « AjPFile » non déclaré (première utilisation dans cette
fonction)
clique.c:77: « retval » non déclaré (première utilisation dans cette
fonction)
clique.c:79: « outf » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
clique.c:83: « inf » non déclaré (première utilisation dans cette fonction)
clique.c:96: « treef » non déclaré (première utilisation dans cette
fonction)
make[1]: *** [clique.o] Erreur 1
make[1]: exit the directory `/usr/local/EMBOSS-2.6.0/PHYLIP-3.573c/src'
make: *** [all-recursive] Erreur 1
[root at mopus PHYLIP-3.573c]#




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