[BioRuby-ja] Tutorial.rd.jpの更新について

[Naohisa GOTO]

後藤です。

On Tue, 03 Feb 2009 09:58:23 +0900
"MISHIMA, Hiroyuki" <missy ＠ be.to> wrote:

> いつもBioRubyを重宝させていただいております。
> 
> BioRubyメーリングリストの方で，後藤さんからBioRuby 1.3.0のリリースが近い
> とのアナウンスがありました。
> 
> http://github.com/bioruby/
> のレポジトリをみてみたのですが，Tutrial.rd.jaが更新されていないようで
> す。まあ，素直にTutrial.rdを読めばいいのですが，BioRuby shellの説明で，
> 
> 	bioruby> dna = seq("atgcatgcaaaa")
> 
> という例が動かず
> 
> 	bioruby> dna = getseq("atgcatgcaaaa")
> 	bioruby> seq = Bio::Sequence::NA.new("atgcatgcaaaa")
> 
> （後者はTutrial.rbより）
> が正解というところで，しばらくはまった経験があるんで，この機会に更新でき
> ればと思っています。

BioRuby 1.1.0 以降 (正確には 1.1.0-pre1以降) では、
seq, ent, obj は getseq, getent, getobj に改名されました。
その理由は、汎用的すぎる単語のため、変数名と重なった場合に混乱する
からだったと思います。git上では以下の変更です。

> commit 0235841dac7c7812cdc056b51d3f42028397bedb
> Author: Toshiaki Katayama <k ＠ bioruby.org>
> Date:   Sun Dec 24 08:50:18 2006 +0000
> 
>     * seq, ent, obj commands are changed to getseq, getent, getobj respectively

しかし、それにドキュメントが追いついていなかったようです。
とりあえず Tutorial.rd.ja については修正しておきました。
ついでに、他に気になる点も、すぐに直せる所については修正しました。

http://github.com/ngoto/bioruby/commit/9ed31bb0b7a1c9f32f621376965180a202c6a404
(文字コードを euc-jp にすれば文字化けせずに表示できます。)

なお、BioRuby shellについての記述は、おそらく日本語版独自の
内容だと思います。Tutorial.rd には相当する部分は無さそうでした。

> Tutorial.rbの翻訳であれば自分でもご協力できるかなと思うのですが，いかが
> でしょうか？

元々 Tutorial.rd は Tutorial.rd.ja を翻訳したものでしたが、
その後、両者がそれぞれ独自に追加と修正を繰り返してしまっています。
つまり、片方向ではなく双方向の内容のマッチングと翻訳が必要ですが、
お願いできるでしょうか？

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後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)