[BioRuby-ja] Fwd: Bio::Alignment::EnumerableExtension#consensus

[遠藤大二]

後藤様

ありがとうございました。


degenerated nuclotide は、consensus_iupac メソッドを使ってください。

  ffconsensus = ffa.alignment.consensus_iupac

これで、今回障害になっていた問題は全て解決しました。
.consensus_iupac　のメソッド一つを理解できるか否かで2日分の作業が違ってしまいます。

とりあえず、お礼申し上げます。

加えて、質問なのですが、mafftでは"-"で示されている
ギャップがconsensusでは?にされています。この文字の選択については背景に意味があるのでしょうか。

お時間のあるときに教えていただけると、今後biorubyを使うときに、感覚のズレが減ると思います。

では、よろしくお願いします。

On Thu, 26 Jul 2007 19:07:47 +0900
"遠藤大二" <dendoh ＠ rakuno.ac.jp> wrote:

> 後藤さん
>
> 重ねてありがとうございました。
>
>
> > ffconsensus = ffa.alignment.consensus_string
> > ではどうでしょうか？
>
> うまくいきました。これをこれからも使用させていただきます。
>
> > ffa.alignment でアライメントオブジェクト
> > (Bio::Alignment::OriginalAlignmentクラスのオブジェクト)
> > が得られるので、それを使ってください。
> >
> > Bio::Alignment::EnumerableExtension は、Enumerableという
> > 性質を持つRubyのオブジェクトをAlignmentっぽく扱うために拡張する
> > ためのモジュールですので、上記のようには使えません。
> > ちなみに、BioRubyが用意しているアライメント用のクラス
> > (Bio::Alignment::OriginalAlignmentなど)は、内部でこれを
> > 利用しています。
>
> ただ、実は、単なるコンセンサスだけではなく、degenerated
> nuclotideも記載したいと考えております。もし、そのようなメソッドがあれば、教えていただけると大変助かります。
> 別スレッドにすべきかもしれませんが、問題が関連しているので、そのままもう一点質問させていただきます。
>
> 本当にありがとうございました。
>
> --
> 酪農学園大学　獣医学部　放射線学教室
> 遠藤大二

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後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)


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酪農学園大学　獣医学部　放射線学教室
遠藤大二
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