[BioRuby-ja] Fwd: Bio::Alignment::EnumerableExtension#consensus

[遠藤大二]

---------- Forwarded message ----------
From: 遠藤大二 <dendoh ＠ rakuno.ac.jp>
Date: 2007/07/26 19:07
Subject: Re: [BioRuby-ja] Bio::Alignment::EnumerableExtension#consensus
To: Naohisa GOTO <ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp>


後藤さん

重ねてありがとうございました。


> ffconsensus = ffa.alignment.consensus_string
> ではどうでしょうか？

うまくいきました。これをこれからも使用させていただきます。

> ffa.alignment でアライメントオブジェクト
> (Bio::Alignment::OriginalAlignmentクラスのオブジェクト)
> が得られるので、それを使ってください。
>
> Bio::Alignment::EnumerableExtension は、Enumerableという
> 性質を持つRubyのオブジェクトをAlignmentっぽく扱うために拡張する
> ためのモジュールですので、上記のようには使えません。
> ちなみに、BioRubyが用意しているアライメント用のクラス
> (Bio::Alignment::OriginalAlignmentなど)は、内部でこれを
> 利用しています。

ただ、実は、単なるコンセンサスだけではなく、degenerated
nuclotideも記載したいと考えております。もし、そのようなメソッドがあれば、教えていただけると大変助かります。
別スレッドにすべきかもしれませんが、問題が関連しているので、そのままもう一点質問させていただきます。

本当にありがとうございました。

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酪農学園大学　獣医学部　放射線学教室
遠藤大二
Tel: 011-388-4847
Fax:011-387-5890


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