[BioRuby-ja] mafft

[Naohisa GOTO]

後藤＠阪大です。

On Thu, 26 Jul 2007 01:22:40 +0900
"遠藤大二" <dendoh ＠ rakuno.ac.jp> wrote:

> 遠藤と申します。　いつもBioRubyを使わせていただいています。
> bioruby 1.1.0 Release 有難うございます。すぐに、新規機能を使わせていただきたいと思います。
> 近々に多数の塩基配列を整列させて、共通領域と変異を調べたいと思います。
> それで、MAFFTの使用方法についてスクリプトの例を示していただけないでしょうか。
> よろしくお願いします。

もう解決されたかもしれませんが、たとえば、以下のような感じで使います。

    require 'bio'

    # MAFFT用のオブジェクトを作成
    factory = Bio::MAFFT.new

    # オプションを設定
    factory.options = %w[ --maxiterate 1000 ]
 
    # 配列データの例
    seqs = [
      'atgcaacgca' * 50,
      'aagcaacgcg' * 50,
      'acgcaaagca' * 50,
      'acgcgatgca' * 50
    ]
    seqs = seqs.collect { |s| Bio::Sequence::NA.new(s) }

    # アライメントオブジェクトの作成
    a = Bio::Alignment.new(seqs)

    # MAFFTでアライメントを行う
    aligned =  a.do_align(factory)

    ## MAFFTでアライメントを行う方法その2
    # result = factory.query(a)
    # aligned = result.alignment

    # 結果出力の例
    print aligned.output_clustal
    puts  aligned.consensus_string


-- 
後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)