[BioRuby-ja] Bio::Alignment::EnumerableExtension#consensus

遠藤大二 dendoh @ rakuno.ac.jp
2007年 7月 26日 (木) 07:05:07 UTC


遠藤です 何度もすみません。MultipleFastaFormatのファイルをMafftで解析することも出来ました。
それから、rdocを見て自助努力をしまして、MultiFastaFormatのオブジェクトにするところまでは出来ました。

ただ、MultiFastaFormatからEnumerableExtensionモジュールを使ってconsensus
sequenceを作成することが出来ません。下記のコードに対して修正コメントいただけないでしょうか。

data=File.read('multifasta.fasta')
ffa=Bio::Alignment::MultipleFastaFormat.new(data)

ffconsensus=Bio::Alignment::EnumerableExtension.consensus_string(ffa)

よろしくお願いします。



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