[BioRuby-ja] 混合塩基

[Tomoaki NISHIYAMA]

遠藤様

> 複数の塩基配列を生成できれば、それらの配列すべてについて、 
> mRNA上での局在を検
> 索することができるので、プライマーとして働く位置が複数ある可能 
> 性も含めて、確
> 認が可能になります。

ここでいうmRNAというのは塩基配列既知のものということですよ 
ね？
正規表現で文字列を検索することで場所が分かるはずなので、
そのまま、正規表現で検索すれば良いように思うのですが、
それでは不足でmismatchを許した検索をしたいということでしょ 
うか？
-- 
Tomoaki NISHIYAMA

Advanced Science Research Center,
Kanazawa University,
13-1 Takara-machi,
Kanazawa, 920-0934, Japan


On 2006/09/05, at 1:09, 遠藤 大二 wrote:

> 酪農学園大学の遠藤と申します。
> オルソローグをHomologeneから入手して、共通のアミノ酸配列 
> からプライマーを設計
> するためのスクリプトを作成しています。
> 共通のアミノ酸配列を選択して、コドンテーブルに基づいて混合塩基 
> を予測するとこ
> ろまではできましたが、
> その混合塩基を含む配列のmRNA上の局在を決定する段階で問題 
> が生じました。
> HomologeneではProtein, mRNAともにFASTAフォーマット 
> でのみダウンロードが可能で
> あるため、ORFの位置を決めることが私にはできません。
> それで、
> 混合塩基を含む配列をキーとして、mRNA配列上での局在位置を 
> 検索したいと思いま
> す。
> 混合塩基から正規表現を生成するメソッドはあるようなのですが、正 
> 規表現から複数
> の塩基配列を生成するメソッドというのはないでしょうか。
>
> WATCRYGGG →　[A,T]ATC[A,G][T,C]GGG →　[AATCATGGG,  
> AATCACGGG, .....]
>
> 複数の塩基配列を生成できれば、それらの配列すべてについて、 
> mRNA上での局在を検
> 索することができるので、プライマーとして働く位置が複数ある可能 
> 性も含めて、確
> 認が可能になります。
>
> なにとぞご教示ください。
>
> _________________________________________________________________
> 借りるから購入、リフォームまで住宅の総合サイト MSN 住宅  
> http://house.msn.co.jp/home.armx
>