[BioRuby-ja] 混合塩基

[遠藤 大二]

酪農学園大学の遠藤と申します。
オルソローグをHomologeneから入手して、共通のアミノ酸配列からプライマーを設計
するためのスクリプトを作成しています。
共通のアミノ酸配列を選択して、コドンテーブルに基づいて混合塩基を予測するとこ
ろまではできましたが、
その混合塩基を含む配列のmRNA上の局在を決定する段階で問題が生じました。
HomologeneではProtein, mRNAともにFASTAフォーマットでのみダウンロードが可能で
あるため、ORFの位置を決めることが私にはできません。
それで、
混合塩基を含む配列をキーとして、mRNA配列上での局在位置を検索したいと思いま
す。
混合塩基から正規表現を生成するメソッドはあるようなのですが、正規表現から複数
の塩基配列を生成するメソッドというのはないでしょうか。

WATCRYGGG →　[A,T]ATC[A,G][T,C]GGG →　[AATCATGGG, AATCACGGG, .....]

複数の塩基配列を生成できれば、それらの配列すべてについて、mRNA上での局在を検
索することができるので、プライマーとして働く位置が複数ある可能性も含めて、確
認が可能になります。

なにとぞご教示ください。

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