[BioRuby-ja] gc_percentをfloatに

[Itoshi NIKAIDO]

にかいどうです。

おつかれさまです。僕も以下に賛成です。

On 6/26/06, GOTO Naohisa <ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp> wrote:
> 後藤です。
>
> メソッド名は、GenomeDiagramを参考に、gc_contentでよいと思います。
> A/T/G/C/U以外の、R,Y等のIUPAC標準の曖昧な塩基やその他の文字は、
> 今までと同じく、分母・分子の両方から無視する計算法でよさそうです。
>
> さらに、ついでに、
>    def at_content; (略); return at.to_f / (at+gc).to_f; end
>    def gc_skew; (略); return (g - c).to_f / (g + c).to_f
>    def at_skew; (略); return (a - t).to_f / (a + t).to_f
> も追加したいと思うのですが、どうでしょうか？
> gc_skewおよびat_skewは-1以上1以下の範囲の数になります。
>
> (ちなみに、GenomeDiagramやG-languageには、スライディングウインドウで
> ゲノム全体の値を計算してグラフを描く機能が付くようですが、それは全く別の話。)
>
> それともう一点。
> 現状では、空の配列に対して Bio::Sequence::NA#gc_percent を実行すると、
>    s = Bio::Sequence::NA.new('')
>    p s.gc_percent
> 例外 ZeroDivisionError: divided by 0
> が発生します。しかし、gc_percentの定義は、配列中にGとCがどれくらい含まれ
> ているかの割合であり、長さ0の配列ではGC含有量は0なのだから、例外を出さず
> 0を返したほうがよいと思うのですが、いかがでしょうか？
>
> --
> 後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
> 大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)
>


-- 
Itoshi NIKAIDO, Ph.D.
FF20 8296 ED6F D9E5 7D05  8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2