[BioRuby-ja] GenBankデータのパース

[遠藤 大二]

酪農学園大学の遠藤ともうします

GenBankのデータをパースしています。 ダウンロードしたファイルの整形について
Rubyのメーリングリストに投稿して片山さんなどから、御示唆いただきました。
ファイルの整形については、ruby-listからの御返事をまちたいとおもいますが、手
動で整形したファイルから、データをとりこむ時にも問題を生じました。ruby-list
での問題とは異なり、biorubyに関係すると思い、入会して投稿させていただきまし
た。

Tutrialをみて下記１のスクリプトを実行したのですが、２のエラーが帰ってきまし
た。
１
ff=Bio::FlatFile.new(Bio::GenBank, ARGF)
sgb=[]
ff.each_entry do |gb|
	p gb.gi	
	p gb.accession
	p gb.definition
	p gb.organism
	p gb.taxonomy
	gb.features.each do |feature|
		position=feature.position
		hash = feature.assoc
		next unless hash['translation']
		print hash['gene'], hash['product'], hash['note'], hash['function']
		puts
		puts gb.naseq.splicing(position)
	end
end

２エラー
/usr/lib64/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:118:in `pos': no stream to 
tell (ArgumentError)
        from /usr/lib64/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:118:in `pos'
        from /usr/lib64/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:342:in 
`get_entry'
        from /usr/lib64/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:573:in 
`next_entry'
        from /usr/lib64/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:609:in 
`each_entry'
        from getgbnem1.rb:18

ファイルの終端が問題かと思い、削って見ましたが、エラーに変化はありませんでし
た。
対策について御示唆いただけるとさいわいです。
よろしくおねがいします。

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