[BioRuby-ja] bioruby version 1.0.0について

[GOTO Naohisa]

> 　最近、v.1.0.0に変更したのですが、変更がいろいろあったようで、
> すこし戸惑っています。

仕様を変えたところについては doc/Changes-0.7.rd に書いています。
しかし、書いていないのに仕様や挙動が変わっているところもあると
思いますので、ご指摘ください。

ただし、↓は変更ではなく、バグです。
bioruby-1.0.1を近日中にリリースするはず、ですが、
それまでの間は添付のパッチを当ててください。
(あるいは、CVS最新版を使ってください。)

> たとえば、なにかfastaのファイルを次のプログラムにわたすと
> 
> #!/usr/local/bin/ruby
> 
> require 'bio'
> include Bio
> 
> ff = FlatFile.new(FastaFormat, ARGF)
> ff.each do |x|
>   puts x
> end
> 
> /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:118:in `pos': no stream to 
> tell (ArgumentError)
>         from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:118:in `pos'
>         from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:342:in 
> `get_entry'
>         from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:573:in 
> `next_entry'
>         from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/io/flatfile.rb:609:in `each'
>         from hoge.rb:7
> 
> と、エラーがでてしまいます。
> どこを修正すればよろしいでしょうか？
> （bioruby-0.6.4にもどすと、エラーがでなくなります。）
> 
> 　よろしくお願いします。

-- 
後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)

-------------- next part --------------
文字コード指定の無い添付文書を保管しました...
名前: flatfile.diff
URL:  <http://lists.open-bio.org/pipermail/bioruby-ja/attachments/20060430/8b521e3f/attachment.ksh>