[BioRuby-ja] Bio::Blast::Default::Report.to_s (format0)

[Tomoaki NISHIYAMA]

こんにちは、

多数のblastの結果がまとまっているファイルを分割したり、
特定の条件を満たす結果をそのまま抽出したりすることを考えると、
Bio::Blast::Default::Report.to_sでそのまま、
一個分の結果を返すようになっていると便利だと思います。
-- 
西山智明
金沢大学学際科学実験センター

% diff -c format0.rb.orig format0.rb
*** format0.rb.orig     Sat Oct 30 23:28:33 2004
--- format0.rb  Wed Jun  1 10:04:44 2005
***************
*** 43,48 ****
--- 43,49 ----
           str = str.sub(/\A\s+/, '')
           str.sub!(/\n(T?BLAST.*)/m, "\n") # remove trailing entries 
for sure
           @entry_overrun = $1
+         @to_s=str
           data = str.split(/(?:^[ \t]*\n)+/)

           format0_split_headers(data)
***************
*** 50,55 ****
--- 51,57 ----
           format0_split_stat_params(data)
         end
         attr_reader :entry_overrun
+       attr_reader :to_s

         attr_reader :f0header, :f0reference, :f0query, :f0database, 
:f0dbstat
         attr_reader :iterations