[Bioperl-l] Eutilities

Fields, Christopher J cjfields at illinois.edu
Fri Nov 4 13:20:31 UTC 2016


This should be already in place with the latest CPAN release, I'll check

Sent from my iPhone

On Nov 4, 2016, at 8:04 AM, "Guido.Laucke at uksh.de<mailto:Guido.Laucke at uksh.de>" <Guido.Laucke at uksh.de<mailto:Guido.Laucke at uksh.de>> wrote:

Hi,
It was NOT a problem of proxy setting…

https =>http in

I changed in Eutilsparameter.pm
my $HOSTBASE = 'http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/';
it was my $HOSTBASE = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/'<http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/'>;

Maybe that helps others…

Greetings
Guido



Von: Fields, Christopher J [mailto:cjfields at illinois.edu]
Gesendet: Freitag, 4. November 2016 13:06
An: Laucke, Guido
Cc: BioPerl List
Betreff: Re: Eutilities

Hi Guido,

For support please keep the bioperl list included (I have cc’d it).

I haven’t extensively tested the proxy settings but this hasn’t popped up before.  Is this is a fairly recent change? I know that HTTP is no longer supported by NCBI; you must use HTTPS (the last release should address this).  Otherwise, can you file this as a bug report?

https://github.com/bioperl/Bio-EUtilities/issues<https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__github.com_bioperl_Bio-2DEUtilities_issues&d=DQMGaQ&c=8hUWFZcy2Z-Za5rBPlktOQ&r=fbHa8Njtvh9VmSnzJxiEUTW9NWDwMMwQAzhgZDO41GQ&m=1kRlKgAw6Smyel9pu1E2zyaqnMGOlxdho_J2CpK_7yk&s=v7PPqonwEAvvzwWGp-UlWw0E93kbNry0Ngedx9us5Cc&e=>

Thanks,

chris

From: "Guido.Laucke at uksh.de<mailto:Guido.Laucke at uksh.de>" <Guido.Laucke at uksh.de<mailto:Guido.Laucke at uksh.de>>
Date: Friday, November 4, 2016 at 1:46 AM
To: Chris Fields <cjfields at illinois.edu<mailto:cjfields at illinois.edu>>
Subject: Eutilities

Hi Christopher,

I have a problem to retrieve entrez by your tool.
I think I have problems with the proxy settings.

When I use LWP::UserAgent it works.

How to set the proxy with your pm?

Thanks in advance.

Guido from old germany

#!perl
use Bio::DB::EUtilities;
use LWP::UserAgent;
use strict;
use warnings;

my $ua = LWP::UserAgent -> new (env_proxy => 1,
                                                              keep_alive => 1,
                                                              timeout => 30);
#$ua->proxy(['http','ftp'], 'http://proxyhl:9090<https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__proxyhl-3A9090&d=DQMGaQ&c=8hUWFZcy2Z-Za5rBPlktOQ&r=fbHa8Njtvh9VmSnzJxiEUTW9NWDwMMwQAzhgZDO41GQ&m=1kRlKgAw6Smyel9pu1E2zyaqnMGOlxdho_J2CpK_7yk&s=-hvq5pbnrO6Z5-xLhOTvJAVeyNFICgiSocpud-Quhj0&e=>' );
#my $response = $ua -> get('http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?retmode=text&rettype=gb&db=nucleotide&tool=bioperl&id=gb%7CAL022723&usehistory=n'<https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__eutils.ncbi.nlm.nih.gov_entrez_eutils_efetch.fcgi-3Fretmode-3Dtext-26rettype-3Dgb-26db-3Dnucleotide-26tool-3Dbioperl-26id-3Dgb-257CAL022723-26usehistory-3Dn-27&d=DQMGaQ&c=8hUWFZcy2Z-Za5rBPlktOQ&r=fbHa8Njtvh9VmSnzJxiEUTW9NWDwMMwQAzhgZDO41GQ&m=1kRlKgAw6Smyel9pu1E2zyaqnMGOlxdho_J2CpK_7yk&s=cnJm6Lf_5i5Vavw_qq-PFBov3Rzz6JKca433w3e_7ZM&e=>);
#my $text = $response -> as_string;
#print substr($text,0,1000) , "\n";


my @ids = qw(1621261 89318838 68536103 20807972 730439);
my $factory = Bio::DB::EUtilities->new(

                                               -eutil => 'efetch',
                                    -email => 'mymail at foo.bar<mailto:'mymail at foo.bar>',
                                    -db => 'pubmed',
                                    -retmode => 'xml',
                                    -id => \@ids);
$factory ->proxy(['http','ftp'], 'http://proxyhl:9090<https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__proxyhl-3A9090&d=DQMGaQ&c=8hUWFZcy2Z-Za5rBPlktOQ&r=fbHa8Njtvh9VmSnzJxiEUTW9NWDwMMwQAzhgZDO41GQ&m=1kRlKgAw6Smyel9pu1E2zyaqnMGOlxdho_J2CpK_7yk&s=-hvq5pbnrO6Z5-xLhOTvJAVeyNFICgiSocpud-Quhj0&e=>' );
print $factory -> get_Response->content;





Mit freundlichen Grüßen
Dr. Guido Laucke

UKSH Gesellschaft für IT Services mbH
Dr. Guido Laucke
Projektleiter / Bereich Klinische Verfahren

Ratzeburger Allee  160 | 23538 Lübeck
Tel.: 0451 500-92976, Fax: -3054
Guido.Laucke at uksh.de<mailto:Guido.Laucke at uksh.de>|www.uksh.de<https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.uksh.de_&d=DQMFAw&c=8hUWFZcy2Z-Za5rBPlktOQ&r=fbHa8Njtvh9VmSnzJxiEUTW9NWDwMMwQAzhgZDO41GQ&m=4bzBHztwmd_jYA7EEmH6FZoWFQ1c0KOwNe9SXPUG7HE&s=FpRyXMKAKHf2F429Z8qPppR_HUsgbD6Ka2H7oXS6MwY&e=>


Besucheranschrift
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Diese E-Mail enthält vertrauliche Informationen und ist nur für die Personen bestimmt, an welche sie gerichtet ist.
Sollten Sie nicht der bestimmungsgemäße Empfänger sein, bitten wir Sie, uns hiervon unverzüglich zu unterrichten und die E-Mail zu vernichten.
Wir weisen darauf hin, dass der Gebrauch und die Weiterleitung einer nicht bestimmungsgemäß empfangenen E-Mail und ihres Inhalts gesetzlich verboten sind und ggf. Schadensersatzansprüche auslösen können.
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