[Bioperl-l] Eutilities

[Fields, Christopher J]

Hi Guido,

For support please keep the bioperl list included (I have cc’d it).

I haven’t extensively tested the proxy settings but this hasn’t popped up before.  Is this is a fairly recent change? I know that HTTP is no longer supported by NCBI; you must use HTTPS (the last release should address this).  Otherwise, can you file this as a bug report?

https://github.com/bioperl/Bio-EUtilities/issues

Thanks,

chris

From: "Guido.Laucke at uksh.de<mailto:Guido.Laucke at uksh.de>" <Guido.Laucke at uksh.de<mailto:Guido.Laucke at uksh.de>>
Date: Friday, November 4, 2016 at 1:46 AM
To: Chris Fields <cjfields at illinois.edu<mailto:cjfields at illinois.edu>>
Subject: Eutilities

Hi Christopher,

I have a problem to retrieve entrez by your tool.
I think I have problems with the proxy settings.

When I use LWP::UserAgent it works.

How to set the proxy with your pm?

Thanks in advance.

Guido from old germany

#!perl
use Bio::DB::EUtilities;
use LWP::UserAgent;
use strict;
use warnings;

my $ua = LWP::UserAgent -> new (env_proxy => 1,
                                                              keep_alive => 1,
                                                              timeout => 30);
#$ua->proxy(['http','ftp'], 'http://proxyhl:9090' );
#my $response = $ua -> get('http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?retmode=text&rettype=gb&db=nucleotide&tool=bioperl&id=gb%7CAL022723&usehistory=n');
#my $text = $response -> as_string;
#print substr($text,0,1000) , "\n";


my @ids = qw(1621261 89318838 68536103 20807972 730439);
my $factory = Bio::DB::EUtilities->new(

                                               -eutil => 'efetch',
                                    -email => 'mymail at foo.bar<mailto:'mymail at foo.bar>',
                                    -db => 'pubmed',
                                    -retmode => 'xml',
                                    -id => \@ids);
$factory ->proxy(['http','ftp'], 'http://proxyhl:9090' );
print $factory -> get_Response->content;





Mit freundlichen Grüßen
Dr. Guido Laucke

UKSH Gesellschaft für IT Services mbH
Dr. Guido Laucke
Projektleiter / Bereich Klinische Verfahren

Ratzeburger Allee  160 | 23538 Lübeck
Tel.: 0451 500-92976, Fax: -3054
Guido.Laucke at uksh.de<mailto:Guido.Laucke at uksh.de>|www.uksh.de<https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.uksh.de_&d=DQMFAw&c=8hUWFZcy2Z-Za5rBPlktOQ&r=fbHa8Njtvh9VmSnzJxiEUTW9NWDwMMwQAzhgZDO41GQ&m=4bzBHztwmd_jYA7EEmH6FZoWFQ1c0KOwNe9SXPUG7HE&s=FpRyXMKAKHf2F429Z8qPppR_HUsgbD6Ka2H7oXS6MwY&e=>


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