Re: [BioRuby-ja] PubMedのメソッドに関する質問（長文で失礼します）

[Toshiaki Katayama]

坂井様

On 2005/10/21, at 0:08, 坂井俊哉 wrote:
> はじめまして。坂井@札幌と申します。
> 自分は血液学を研究している院生で、プログラミングは素人なのですが、
> bioruby は大変便利で利用させていただいております。

ありがとうございます。

> 表題の件ですが、チュートリアルの pmfetch.rb コードを文献の管理に
> 利用しています。最近bioruby をアップデートしたらBibtex の著者名
> の出力が以前よりきれいになっているようで（区切りがちゃんと and に
> なっている）、自分のbib ファイルを作り直そうと思っています。
> お伺いしたいことは、PMID のリストからなるファイルを作っておいて、
> 対応するエントリーを一度に入手するコードというのは可能でしょうか？
> どなたかご教示いただけると幸いです。(素人の質問で恐縮です)
> 自分が使用しているコードは以下のもので、PMIDはMeadow の eshell
> 上でコピペしていますが、もう少し楽ができないだろうかと思い、
> 質問させていただいた次第です。
> Ruby のバージョンはruby 1.8.1 (2003-12-25) [i386-cygwin] です。
> -------------------------- ここから ---------------------------
> #!/usr/bin/env ruby
> require 'bio'
> ARGV.each do |id|
>   entry = Bio::PubMed.query(id)     # 
>   medline = Bio::MEDLINE.new(entry) #
>   reference = medline.reference     # 
>   puts reference.bibtex             # BibTeX フォーマットで出力
> end
> #このスクリプトを pmfetch.rb など好きな名前で保存し、
> #% ./pmfetch.rb 11024183 10592278 10592173
> #NCBI の文献データベース PubMed を検索して引用文献リストを作成する例で
> す。
> ------------------------- ここまで ------------------------------

Cygwin なら、こちらのコードのままでもシェルの機能で可能だと思います。

  % ./pmfetch.rb `cat file.txt`

file.txt には PMID を空白や改行で区切って並べて書いておけば良いです。

説明不足でしたら遠慮なくまたお尋ねくださいませ。

片山