[BioRuby-ja] PubMedのメソッドに関する質問(長文で失礼します)

坂井俊哉 sakai-toshiya @ mvc.biglobe.ne.jp
2005年 10月 20日 (木) 11:08:05 EDT


はじめまして。坂井@札幌と申します。
自分は血液学を研究している院生で、プログラミングは素人なのですが、
bioruby は大変便利で利用させていただいております。

表題の件ですが、チュートリアルの pmfetch.rb コードを文献の管理に
利用しています。最近bioruby をアップデートしたらBibtex の著者名
の出力が以前よりきれいになっているようで(区切りがちゃんと and に
なっている)、自分のbib ファイルを作り直そうと思っています。
お伺いしたいことは、PMID のリストからなるファイルを作っておいて、
対応するエントリーを一度に入手するコードというのは可能でしょうか?
どなたかご教示いただけると幸いです。(素人の質問で恐縮です)
自分が使用しているコードは以下のもので、PMIDはMeadow の eshell
上でコピペしていますが、もう少し楽ができないだろうかと思い、
質問させていただいた次第です。
Ruby のバージョンはruby 1.8.1 (2003-12-25) [i386-cygwin] です。
-------------------------- ここから ---------------------------
#!/usr/bin/env ruby
require 'bio'
ARGV.each do |id|
  entry = Bio::PubMed.query(id)     # 
  medline = Bio::MEDLINE.new(entry) #
  reference = medline.reference     # 
  puts reference.bibtex             # BibTeX フォーマットで出力
end
#このスクリプトを pmfetch.rb など好きな名前で保存し、
#% ./pmfetch.rb 11024183 10592278 10592173
#NCBI の文献データベース PubMed を検索して引用文献リストを作成する例で
す。
------------------------- ここまで ------------------------------
今後ともよろしくお願いいたします。
__
坂井俊哉
北海道大学大学院医学研究科 病態内科学講座・第二内科
e-mail: sakai-toshiya @ mvc.biglobe.ne.jp




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