[BioRuby-ja] New library for Simple Interaction File

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後藤です。

On Sun, 22 May 2005 07:08:51 +0900
Itoshi NIKAIDO <itoshi ＠ gsc.riken.go.jp> wrote:

> にかいどうです。
> 
> オープンソースの分子相互作用ネットワークビューアCytoscape
> http://www.cytoscape.org/
> 
> が入出力するSimple Interaction File (SIF)のライブラリを
> 作成しました。BioRubyの取り込んで頂けると嬉しいです。

ざっと見たところ、
  SIF クラス              -- SIF全体のデータ構造
  SIF::Interaction クラス -- 枝(相互作用)のデータ
のクラスが存在するわけですね。

Bio::Relation や Bio::Pathway との関係はどうすればいいでしょうか？
違う概念のものなので独立したままでいいか、何らかの形で統合するか、
変換するメソッドを用意するか、等々。

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後藤 直久  ngoto ＠ gen-info.osaka-u.ac.jp
大阪大学微生物病研究所 遺伝情報実験センター ゲノム情報解析分野(安永研)