[BioRuby-ja] New library for Simple Interaction File

Itoshi NIKAIDO itoshi @ gsc.riken.go.jp
2005年 5月 21日 (土) 18:08:51 EDT


にかいどうです。

オープンソースの分子相互作用ネットワークビューアCytoscape
http://www.cytoscape.org/

が入出力するSimple Interaction File (SIF)のライブラリを
作成しました。BioRubyの取り込んで頂けると嬉しいです。

作成したライブラリは以下に置きました。
http://itoshi.tv/p/bioruby/sif.tar.bz2

含まれるファイルの詳細は以下のとおりです。

sif.rb: ライブラリ本体
sample_sif.rb: サンプルスクリプト
sample.sif: サンプルスクリプトが出力するSIF
sample.png: sample.sifをCytosacpeへ取り込んでネットワーク 
を描画した図

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二階堂愛, Ph.D. <itoshi @ saitama-med.ac.jp> / http://itoshi.tv/
埼玉医科大学  ゲノム医学研究センター  ゲノム科学部門
〒350-1241 埼玉県日高市山根1397-1
tel: 042-985-7318 fax: 042-985-7329





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