[BioRuby-ja] BLASTscoreの取り扱いエラー

Hiromi Matsumae matsumae @ bioinfo.tmd.ac.jp
2008年 7月 28日 (月) 09:17:07 UTC


東京医歯大の松前と申します。

Ruby1.8.6 / Bioruby1.2.1でBLASTの結果をパースしていたと 
ころ、
e-valueを取り出す段階で、以下のようなエラーを吐きました。

/ruby/site_ruby/1.8/bio/appl/blast/format0.rb:1023:in `parse_score':  
StringScanner::Error (StringScanner::Error)
from (eval):1:in `evalue'

躓いたファイルを見てみると、e-valueが問題ではなく、
scoreの値が、1.628e+04となっており、
このscoreの値を試しに100に書き換えたところ、
この問題は回避されましたので、ご注意いただければと思います。
既出でしたら申し訳ありません。

とりいそぎ、ご報告まで。

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松前 ひろみ   (Hiromi MATSUMAE)
  東京医科歯科大学大学院 医歯学総合研究科 博士課程



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