[BioRuby-ja] KEGG API GENES

[Toshiaki Katayama]

藤東様

On 2007/07/27, at 9:18, Atsuya Fujito wrote:
> 東医大の藤東と申します。
> Bioruby勉強中です。
> KEGG API PATHWAYを使っているのですが、PATHWAY にのっている遺伝子を入手した場合、hsa1等のようなIDで返ってきます。
> これを、ncbi-giに変換することはできるのですが、NM_001954のような Public IDに変換することは可能でしょうか？
> よろしくお願いします。

書かれている NM_* は NCBI RefSeq ID だと思いますので、NCBI Gene ID 経由なら

  ftp://ftp.ncbi.nih.gov:/gene/DATA/gene2refseq.gz

を使えば対応が取れるかもしれません。いかがでしょうか？

このあたりの変換をしてくれるサービスを NCBI が提供してくれているとうれしい気がしますね。

片山