[BioRuby-ja] Bio::FlatFile.openの利用方法

[Hideya KAWAJI]

Bioruby-jaのみなさま


川路です

一つ、質問させてください。

Bio::FlatFileを利用して、BLATのPSLファイル等を
扱ってみようとしています。ヘッダがきちんとついている
場合は扱うことができているのですが、ヘッダが無いPSLファイル
を扱うことができていません。

具体的には、

  Bio::FlatFile.open(Bio::Blat::Report,"file_with_no_header.psl")

として、Bio::Blat::Reportを明示的に指定してopenしてやると、
ヘッダの無いPSLファイルでも扱えるかと期待してみたのですが

  1.8/gems/bio-1.0.0/lib/bio/io/flatfile.rb:571:in `next_entry':
  undefined method `skip_leader' for nil:NilClass (NoMethodError)
       from ~/ruby/1.8/gems/bio-1.0.0/lib/bio/io/flatfile.rb:609:in `each'

というエラーでこけてしまいました。

どのように対処するのが正しいのでしょうか？