[BioRuby-ja] gc_percentをfloatに

[Itoshi NIKAIDO]

にかいどうです。

提案です。

bio/sequence/na.rb の gc_percent ですが、float を返したほうが
良いのではないでしょうか。PCRプライマーなどオリゴの設計の
際には小数点第一位あたりが大事になってきます。実際に実験条件を
小数点第一位あたりで振るのは日常的ですので、floatのほうが現場に
合う気がします。如何でしょうか?

以下のコードを
   gc = 100.0 * gc / (at + gc)
とするだけですけど。

 # Calculate the ratio of GC / ATGC bases as a percentage rounded to
 # the nearest whole number.
 #
 #   s = Bio::Sequence::NA.new('atggcgtga')
 #   puts s.gc_percent                       #=> 55
 # ---
 # *Returns*:: Fixnum
 def gc_percent
   count = self.composition
   at = count['a'] + count['t'] + count['u']
   gc = count['g'] + count['c']
   gc = 100 * gc / (at + gc)
   return gc
 end

-- 
Itoshi NIKAIDO, Ph.D.
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