[BioRuby-ja] BioRuby 1.0 リリース

[Toshiaki Katayama]

皆様

IPA 未踏ソフトに採択され開発を続けてきた BioRuby/ChemRuby ですが、
さきほど BioRuby 1.0.0 / ChemRuby 1.0.0 をリリースしました。

  http://bioruby.org/archive/bioruby-1.0.0.tar.gz
  http://chemruby.org/archive/chemruby-1.0.0.tar.gz

未踏での新機能としては 0.7 で導入した BioRuby シェルがあります。
シェルは Ruby スクリプトを書かずにインタラクティブに BioRuby の
機能を利用するための CUI です。
シェルの使い方は doc/Tutorial.rd.ja に追記しましたが、ウェブでも

  http://bioruby.org/archive/doc/Japanese/tutorial.html
  http://bioruby.org/archive/doc/Japanese/tutorial.pdf

からドキュメントを参照して頂けますので、ぜひお試しください。

  bioruby> demo

とすることで、簡単なデモを見ることもできます。

その他、この１年でユニットテストが大量に追加されました。
BioRuby インストール時に

  % ruby install.rb config
  % ruby install.rb setup

に続いて

  % ruby install.rb test

として頂くことで、テストを走らせることができます。
もし通らないテストが見つかるなどの不具合がありましたら
ぜひ報告してください。

リリース 0.6.4 以降、こまごまと仕様変更を行いましたので、
とくに非互換な変更などについては doc/Changes-0.7.rd ファイルを
参照してください。

未踏終了に合わせ、成果をとりまとめるという意味で 1.0 を
リリースしましたが、今後も開発は継続していきますので
よろしくお願いします。

当面の課題：
* ライセンスを Ruby's に変更したい
* open-uri などによる proxy への対応強化
* Bio::DAS, Bio::GFF, Bio::SQL のサポート強化
* Bio::Sequence のコンテナとしての活用
* シェル + Rails をもっと使いやすく
* グラフ系の充実と ChemRuby との連携
* さらなる網羅的なテスト

片山