[BioRuby-ja] 複数ファイル順次読み込み

[Daiji Endoh]

後藤様

 

遠藤です

 

ご教示いただき、ありがとうございました。

ウイルス科ごとに既知のゲノム配列を読み込む作業がうまくいきました。

 

下記のスクリプトで動作を確認できました。

重ねてお礼申しあげます。 

*******************************

#!/usr/bin/env ruby

require 'bio'

require "mysql"

fnames=["Arena", "Arteri", "Astro", "Birna", "Borna", "Bunya", "Calici",
"Circo", "Corona", "Delta", "Filo", "Flavi", "Hepe", "Noda", "Orthomyxo",
"Paramyxo", "Picorna", "Reo", "Retro", "Rhabdo", "Roni", "Toga"]

def ARGF.pos; 0; end

fnames.each do |fn|

              vfam=fn+".gb"

              p vfam

              ff=Bio::FlatFile.open(Bio::GenBank, vfam)          

              ff.each do |gb|

                            begin

                                          gi=gb.gi

                                          gino=gi.sub("GI:","").to_i

                                          ac=gb.accession

 
de=gb.definition.gsub(/\'/,"").to_s

                                          sp=gb.organism.gsub(/\'/,"").to_s

                                          tax=gb.taxonomy.gsub(/\'/,"").to_s

                                          seq=gb.naseq.upcase!

                                          len=seq.length

                                                        

                            rescue

                                          break

                            end

              end

end