[BioRuby-ja] New library for Simple Interaction File
Itoshi NIKAIDO
itoshi @ gsc.riken.go.jp
2005年 5月 21日 (土) 18:08:51 EDT
にかいどうです。
オープンソースの分子相互作用ネットワークビューアCytoscape
http://www.cytoscape.org/
が入出力するSimple Interaction File (SIF)のライブラリを
作成しました。BioRubyの取り込んで頂けると嬉しいです。
作成したライブラリは以下に置きました。
http://itoshi.tv/p/bioruby/sif.tar.bz2
含まれるファイルの詳細は以下のとおりです。
sif.rb: ライブラリ本体
sample_sif.rb: サンプルスクリプト
sample.sif: サンプルスクリプトが出力するSIF
sample.png: sample.sifをCytosacpeへ取り込んでネットワーク
を描画した図
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二階堂愛, Ph.D. <itoshi @ saitama-med.ac.jp> / http://itoshi.tv/
埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター ゲノム科学部門
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