[BioRuby-ja] EMBLフォーマットについて

[H Saito]

BioRubyの皆様、はじめまして。
斎藤秀俊と申します。いつもBioRubyを利用させて頂いております。

EMBLフォーマットのデータのパースをしていて、エラーが発生したので、調べて
いるのですが、

以下のようなコードを書いて実行すると
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require 'bio'
ff = Bio::FlatFile.new(Bio::EMBL, ARGF)
ff.each_entry do |f|
  p f.os
end
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以下のようなエラーがでました。
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/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/embl/common.rb:102:in `os': Error: OS Line.
(RuntimeError)
Haplochromis sp. 'muzu, rukwa'
        from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/embl/common.rb:96:in `each'
        from /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/embl/common.rb:96:in `os'
        from a.rb:8
        from a.rb:6:in `each_entry'
        from a.rb:6
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この元のデータを調べたところ
http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/emblfetch?AB090716
のOSの値
OS   Haplochromis sp. 'muzu, rukwa'
をパースするところでのエラーでした。
この場合splitで
["Haplochromis sp. 'muzu", "rukwa'"]
このように戻ってきてしまいます。
EMBLのデータの問題なのでしょうが、報告させて頂きます。

以下に私の環境を書いておきます。
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$ ruby -v -r bio -e 'p Bio::BIORUBY_VERSION'
ruby 1.8.1 (2003-12-25) [i386-cygwin]
/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/reference.rb:140: warning: method redefined; dis
carding old abstract
[0, 6, 2]
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斎藤秀俊