Re: [BioRuby-ja] GenBank形式のファイルを読みこみたい

[Toshiaki Katayama]

福井さん

NM_ だと RefSeq エントリですね。

   % biofetch.rb refseq NM_178136 > NM_178136.rs
   % ruby gb.rb NM_178136.rs

で、手元の環境では問題無く動きました。

しかし、このファイルの末尾に空行を付け加えてみるとエラーが
再現できました。
対処方法は先ほどのパッチでいいのかなぁ、、
// が来たら処理をやめるようにした方がよさげかもしれません。

片山

On 2005/02/28, at 15:46, FUKUI Toshifumi wrote:

> 福井です。
>
> 片山さん、西山さん、お世話になります。
>
> 例えば、NCBIから取得した、
> VERSION     NM_178136.1  GI:30089918
> というファイルで、そうなります。
> ちなみに、Entrezで表示させて、「all to file」を選択して「send」のボタ
> ンを押しただけの状態なので、僕が加工したファイルというわけでもありませ
> ん。
>
> 余分な空行ということは、改行コードかなぁ、、、。
> ちょっと調べてみます。
>
> At Mon, 28 Feb 2005 15:26:01 +0900 (JST),
> Tomoaki NISHIYAMA wrote:
>>
>> 基生研の西山です。
>>
>> 下のような現象は、余分な空行があるファイルで見ることがあります。
>> 福井さんの方では、余分な空行がないかを確認してみては如何でしょうか。
>>
>> biorubyの方では、余分な空行があってもうまく処理できるよう
>> になるとより良いと思います。
>>
>> -- 
>> Tomoaki Nishiyama
>>   e-mail:tomoaki ＠ nibb.ac.jp
>> National Institute for Basic Biology
>>
>>
>> From: Toshiaki Katayama <ktym ＠ hgc.jp>
>> Subject: Re: [BioRuby-ja] GenBank形式のファイルを読みこみたい
>> Date: Mon, 28 Feb 2005 14:49:25 +0900
>> Message-ID: <382e53b735eb225b9a15c3f3f3e098c8 ＠ hgc.jp>
>>
>> ktym> 福井さん
>> ktym>
>> ktym> 手元で少し試してみた限りではエラーにならないのですが、
>> ktym> 最近は全 GenBank にかけてみるといったテストをしていないので、
>> ktym> フォーマットの変更など対応漏れがある可能性はあります。
>> ktym>
>> ktym> エラーの出るエントリを教えて（or 送って）頂けないでしょうか？
>> ktym>
>> ktym> よろしくお願いします。
>> ktym>
>> ktym> 片山
>> ktym>
>> ktym> On 2005/02/28, at 13:35, FUKUI Toshifumi wrote:
>> ktym>
>> ktym> > 福井と申します。
>> ktym> >
>> ktym> > http://bioruby.org/wiki/Japanese/?Tutorial.rd.ja
>> ktym> > の「GenBank のパース (Bio::GenBank クラス)」の
>> ktym> >> 次に、GenBank の複雑な FEATURES の中もパースして、遺伝子ごとの塩基配列と
>> ktym> >> アミノ酸配列を取り出してみます。
>> ktym> > の例に従って、GenBank形式のファイルを読み込もうとしています。
>> ktym> >
>> ktym> > この例をそのままcopy & pasteした上で、NCBIから取ってきたGenBank形式の
>> ktym> > ファイルを読み込ませてみると、
>> ktym> >
>> ktym> > /usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb:58:in 
>> `accession':
>> ktym> > private
>> ktym> > method `split' called for nil:NilClass (NoMethodError)
>> ktym> >         from ./gb.rb:11
>> ktym> >         from ./gb.rb:8:in `each_entry'
>> ktym> >         from ./gb.rb:8
>> ktym> >
>> ktym> > のようなエラーが出ます。
>> ktym> > # gb.rbというのが、とりあえずcopy & pasteして作ったファイルの名前です。
>> ktym> >
>> ktym> > とりあえず、/usr/lib/ruby/site_ruby/1.8/bio/db/genbank/common.rb を見て
>> ktym> > はみたのですが、何がどういけないのか見当が付きません。
>> ktym> > すみません、どう対処すべきでしょうか？どなたか、ヒントだけでも教えてくだ
>> ktym> > さい。
>> ktym> >
>> ktym> > ちなみに、
>> ktym> > % ruby -v
>> ktym> > ruby 1.8.2 (2004-12-25) [i386-cygwin]
>> ktym> > という環境で、bioruby-0.6.2をインストールしています。
>> ktym> >
>> ktym> > --
>> ktym> > fukui
>> ktym>